Schimmelpilze produzieren Mykotoxine, chemische Verbindungen, die meist für die anderen Lebensformen giftig sind.
Als Alltagsgifte, speziell Wohngifte, sind Schimmelpilze auf feuchten Wandstellen und in der Erde von Zimmerpflanzen von Bedeutung. Feuchte Wandstellen können schnell auf der Innenseite von Aussenwänden entstehen, an Stellen, wo sie schlecht belüftet sind, z.B. hinter Schränken oder unsachgemäss angebrachten Wandverkleidungen oder wo sich «geometrische Wärmebrücken» befinden, so etwa in einer Raumecke aus zwei Aussenwänden und der Zimmerdecke. Schlafzimmerwände sind oft gefährdet, weil sie fast immer kühler sind als andere Wände in der Wohnung und weil die Luftfeuchtigkeit in Schlafzimmern in der Regel sehr hoch ist. Schlechte Belüftung fördert das Wachstum von Schimmelpilzen.
Die Sporen der Pilze sind sehr leicht; sie kommen in der Atemluft vor und sind an den Hausstaub gebunden. Wo es Schimmelpilze gibt, kommen auch ihre natürlichen Gegenspieler, die Hausstaubmilben vor. Sie scheiden die Pilzsporen zusammen mit anderen Stoffwechselprodukten wieder aus. Diese Ausscheidungen sind starke Allergene.
Die Aspergillusarten (wie der Schwarzschimmel) produzieren die besonders gefährlichen Aflatoxine. Einige davon verursachen Leberkrebs. Aspergillusarten können auch in der Lunge bösartige Geschwülste oder einen allgemeinen Pilzbefall der Lunge verursachen.
Schimmelpilze schädigen nur Leute, deren Immunsystem durch andere Gifte und Allergene wie Zahn- und Wohngifte vorgeschädigt ist. Da es für die Schädigung durch Schimmelpilze keine gezielte Behandlung gibt, sind die Ursachenerkennung und die Beseitigung Voraussetzung.